חברה אשר מעוניינת להפסיק את פעילותה חייבת לדווח על כך לרשויות המס, אך יש עליה חובה לדווח על הפסקת פעילותה גם לרשם החברות. רבות הן החברות אשר מפסיקות את פעילותן, וסבורות שהודעה לרשויות המס מספיקות לשם הפסקת פעילות החברה ואינן מודעות לכך שעל מנת להפסיק את פעילותה של החברה, על פי חוק החברות יש להודיע על כך לרשם החברות ולבצע הליך של "פירוק חברה". פירוק חברה יכול להתבצע מרצון או ע"י בימ"ש, ע"י הדירקטוריונים או על ידי הנושים של החברה.
פירוק חברה מרצון צריך להיעשות על ידי הדירקטוריון של החברה או על ידי מינוי "מפרק" לחברה שיבחר על ידי בעלי המניות של החברה. לאחר שימונה לחברה "מפרק", הוא חייב לפעול על פי הקריטריונים ולפעול שלב שלב עד לתום ההליך.
לכל חברה אשר לא הודיעה לרשם החברות על פירוק החברה, יש חובה לשלם אגרה שנתית לרשם החברות על פי סעיף 9 (ב) לחוק החברות התשנ"ט - 1999. "חברה תשלם בכל שנה אגרה שנתית" גם אם החברה הפסיקה את פעילותה.
חברות המפסיקות את פעילותן ולא דואגות להשלים את תהליך "פירוק החברה" יידרשו בבוא העת לפרוע את חובותיהן לרשם החברות גם אם לחברה לא היו הכנסות והוצאות בשנים שלא היו פעילות וגם אם דיווחו על כך לרשויות המס.
בסוף כל שנה, נשלחת דרישת תשלום האגרה לכתובת החברה הרשומה במאגר רשם החברות, (הכתובת שנמסרה בעת הקמת החברה ורישומה ברשם החברות). כדי להקל על חברות חדשות, נקבע בתקנות כי בשנה הראשונה של פעילותה של החברה אינה חייבת החברה בתשלום האגרה. סכומי האגרה מתעדכנים מידי פעם בהתאם למדד המחירים לצרכן.
בעבר הייתה סמכות לרשם החברות למחוק חובות שנצברו בגין אגרות שנתיות לחברות אשר הפסיקו את פעילותן וצברו חובות, כאשר חברות רבות השאירו את העניין לשיקול דעתו של רשם החברות. כיום בוטלה סמכות זו ועם כניסתו של חוק החברות המעודכן לתוקף חייבת כל חברה, בין אם היא פעילה ובין אם היא לא פעילה לשלם אגרה שנתית, כאשר חברות אשר אינן משלמות את חובותיהן מאחר שסבורות כי לאחר הפסקת הפעילות של החברה הן לא צריכות לשלם אגרה, צוברות החברות הללו חובות אשר צוברים ריבית והצמדה. מה גם, שכנגד בעלי החברה ניתן לבצע הליכי גביה בגין חובות האגרה, וזאת על פי החוק.
על פי סעיף 9 (ב) לחוק החברות התשנ"ט - 1999 - "חברה תשלם בכל שנה אגרה שנתית" (גם אם הפסיקה את פעילותה), אך למרות האמור בסעיף זה, קיימת דרך לקבל פטור מתשלום חובות לרשם החברות בגין אגרות שנתיות, וזאת בהתקיים מספר תנאים.
"על אף האמור בתקנה 5 חברה שהפסיקה את פעילותה והגישה לרשם דו"ח והודעה לפי סעיף 338 לפקודת החברות, פטורה מתשלום אגרה שנתית או עיצום כספי שהוטל בשל אי תשלומה, לגבי השנים שלאחר המועד שבו הפסיקה החברה את פעילותה...."
סעיף זה בעצם אומר שחברה אשר הפסיקה את פעילותה תהיה פטורה מתשלומי האגרה מהמועד בו הפסיקה את פעילותה העסקית אך בתנאי שדיווחה לרשם החברות על הפסקת הפעילות והגישה דו"ח על פי סעיף 338 לפקודת החברות. במקרה כזה תהיה החברה פטורה מתשלום האגרה השנתית מאותו הרגע.
משמעות הפסקת פעילות חברה על פי סעיף 338 כרוכה בהליך פרוצדוראלי הכולל מספר פעולות אותם צריכה החברה לבצע לשם פירוק החברה, ורק בתום הליך הפירוק, תירשם החברה כחברה "מחוסלת" ואז תוכל לקבל את הפטור.
פירוק חברה יכול להיעשות על ידי דירקטוריון החברה (אם קיים דירקטוריון יחיד לחברה), על ידי "מפרק" שימונה על ידי הדירקטוריונים, או שיכול להיעשות על ידי נושים. ההליך יכול להיעשות מרצון או בביהמ"ש.
כאשר מדובר בפירוק חברה מרצון יש לפעול על פי הפרוצדורה, כאשר בתחילתו של ההליך מגישים תצהיר כושר פירעון חתום על ידי דירקטוריונים של החברה, בו הם מצהירים כי החברה יכולה לפרוע את חובותיה (אם קיימים) והתחייבויותיה בתקופה של עד 12 חודשים ממועד הפירוק.
לאחר שקיבלה החברה אישור מרשם החברות שהתצהיר התקבל, על מפרק החברה או הדירקטור לקבוע תאריך לכינוס אסיפה כללית בה ישתתפו בעלי המניות של החברה כדי לקבל החלטה על פירוק החברה ואם יש צורך למנות לחברה "מפרק". יש להודיע לבעלי המניות על האסיפה 21 יום מראש ולהזמינם לאסיפה. באסיפה הכללית תתקבל החלטה על פירוק החברה מרצון ועל מינוי מפרק לחברה. יש לרשום פרוטוקול הישיבה ולשלוח לרשם החברות עותק. אם מונה לחברה מפרק, ישלח המפרק לרשם החברות אישור כי מונה לתפקיד המפרק. ההחלטה על פירוק החברה תירשם ברשומות, ורשם החברות ירשום את החברה - כ"חברה בפירוק". על המפרק לכנס נכסיה של החברה ולפעול לפרעון חובותיה והתחייבויותיה של החברה. המפרק ישלח לרשם החברות דו"ח על הליכי הפירוק ופרוטוקול מן האסיפה המאשר את הדוח. לאחר שלושה חודשים מקבלת הדו"ח הסופי תירשם החברה ברשם החברות כחברה "מחוסלת".
אם לחברה חובות בגין אגרות שנתיות שלא שולמו לרשם החברות, ניתן לבקש מחיקת החובות בשלב של הגשת הדו"ח הסופי לרשם החברות. זאת בתנאי שהגישה את האישורים המקוריים הקבועים בתקנות. על המפרק לציין בדו"ח הסופי באופן מפורש כי מאחר והחברה פתחה בהליך פירוק חברה מרצון וצרפה את כל האישורים שצויינו בתקנות היא זכאית לפטור מתשלום האגרה.
1. אישור משלטונות המס כי החברה לא פתחה תיק במס הכנסה או סגרה את תיקה במס הכנסה (בציון תאריך סגירת התיק).
2. אישור ממע"מ כי החברה לא נרשמה במע"מ או שביטלה רישומה במע"מ.
3. תצהיר הדירקטורים של החברה על הפסקת פעילות החברה ועל כך שהחברה אינה מנהלת חשבונות בבנק.